提起北大和北大医学部，我就很容易联想到上交大和上交大医学院，因为这两者的医学院和本部在高考招生时都是分开两个招生代码填报的，所以很多人经常会认为北大和北大医学部是两所分开独立的大学。北京大学医学部一般简称为北医，虽然实行单独招生代码，但是北大医学部是接受北京大学统一行政体系下的。
现在的北大医学部本身就是起源于北大医疗系的，前身是创建于1912年10月26日的北京医学专门学校，是我国依靠自己力量创建的第一所用于传授西方医学的学校。只因为在后来国家政策倡导对大学进行分科，北大医学部才从北大分出到后来成为北京医科大学。再之后就是在2000年左右，教育部鼓励大学向多元化发展，偏向于建立综合性高校，所以才有在2000年4月3日北大和北京医科大学合并组建新的北京大学。
所以北大医学部算是自己行走江湖了一圈又回到北大的怀抱，总的来说北大和北大医学部之间的区别不是特别多，总结起来就是以下三点。
NO.1 北大医学部实行单独的招生代码（这是最明显的区别）
北京大学总共有六大学部，北京医学部是其中的一份子但是又区别于其他五大学部，因为北大医学部能够具有实打实的行政体系，也就是说北大医学部在行政上有自己的话语权，我们经常说的北大一般都是指本部 –燕园校区，但是北大医学部不在这个校区里面。
至于说为什么北大医学部能够拥有自己的行政体系和单独的招生代码，其主要的原因还是因为合并前的北京医科大学在分离出北大将近大半世纪里，自身的学科实力和社会影响力、校友资源都已经非常雄厚，即便不依附北大也可以发展的很好。再者合并前的北京医科大学本身就是211工程高校，实力很强，所以在北医并入北大时也是底气十足的。所以经过一系列的协商和博弈，医学部成功并入北大，但是保留原先行政体系和实行独立招生代码算是一种协商的结果。
从这样看，北大医学部在某些方面可以说没有实现真正意义上并入北大，依旧有属于自己的行政管理机构，所以北大医学部相对于北大的其他院系还是更具有独立性些。
NO.2 学生学习场所的分配
对于北大医学部的学生来说，新生在大一的时候是在北大本部（燕园校区）学习和生活的，在课程设置上主要是一些理工类基础学科（高数、线性代数、概率统计、大学英语和大学物理等），之后的大学学习和生活会回到医学部本部进而学习核心课程和专业基础课。在转专业的权利上，北医的学生和本部学生都是一样的，可以在全校所有的专业范围内选择，但是会有名额上限制，所以能够转专业成功并不多。
虽然说北大医学部在行政管理上比较独立，也具有独立于北大的招生代码，但是北大医学部在行政编制上依旧是隶属于北京大学本部，北大医学部的毕业证是由北京大学颁发的。所以在毕业证上这点看，北大和北大医学部之间没有任何差别。
NO.3 北大医学部的最低投档线要低于北大本部
可能是因为医科这个专业相对于其他专业需要时间的积累要更长，创造个人事业成功的速度相对于其他学科也要慢些，加上因为北大医学部的学校地址不位于燕园校区，相对独立。所以和北大其他学科在对考生的吸引力上要弱些。造成北大医学部在最低招生分数上是要低于北大其他学科大约20分左右。当然每个省份的录取分数肯定各有不同，一般都保持在20-30分之间。
因为有这样的差距存在，所以对于很多希望圆梦北大，又希望学医的同学，北大医学部还是一个很好的选择（当然这也得分数和北大本部的分数之间的差距不大的情况下）
得益于北大医学部的行政管理相对独立，拥有较高的自主决策权，所以北大医学部可以处置事情更加的灵活，效率也会变得更高。但是也因为北大和北大医学部合并的顺利完成，所以之前北医比较落后行政后勤体系也被完美的继承下来，比如说北大医学部的网络速度慢和卡顿，食堂的卫生情况等等。在一些非医学和专业课的任课教师实力和北大本部相比存在比较显著的差距。
总的来说北大和北大医学部之间在根本问题上区别不大，只是在招生代码上存在比较重要的区别。
最后，尽管说北医合并至北大还是存在着一些不那么完美的地方，但是从社会认知和影响来，北大医学部并入北大的融合还是得到肯定的，毕竟两者本身就实力强悍，对于北大来说算是如虎添翼，对于北医来说是泰山可倚。所以这合并18年的发展中，对于北大本部和北大医学部都是一个双赢的成果。
希望我的解答能帮助你
其实，由北大医学部的学生来解答更为准确。作为局外人，只能简单的谈谈自己的浅见，欢迎给位批评指正。
在我们县，前几年就有过学生被北大医学部录取后选择复读的，原因是当时学校引导学生选择，毕竟北大医学部也是北大，学校有几个被北大录取后可以提升学生的招生（尤其是多年没有考入北大清华的高中）。在网络的报道中，不少地方学生考入清华或北大后，学生和班主任也会有现金的奖励。
2000年4月3日，原北京医科大学与北京大学正式合并，组建新的北京大学，当年5月4日，原北京医科大学正式更名为北京大学医学部，算是北京医科大学的回归。真要说区别的话，比如：
北大医学部是北大的一部分，属于几个学部之一。
地理位置上，2个校区不在一起，不过医学部大学一会在北大本部生活学习(护理学和医学检验技术专业除外)。
招生上，医学部独立于北大单独招生，投档录取线会低一些。
医学部的毕业证和学位证，都是北京大学，都是北大校长签字。
课程上医学部的学生可选修本部专业的双学位。
…
在选择上，个人的建议得想明白是不是喜欢医学类的专业，毕竟达到北大医学部的分数可选择的院校或专业太多。学科兴趣对于后期的学习、工作都帮助很大，硬要为上北大而选择不喜欢的医学类专业不值得。
希望对你有所帮助:(
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