北大与清华的区别，可以追根溯源从历史的角度来看。
北大之所以成为国内最顶尖的大学，源自北大独一无二，甚至是空前绝后的历史出身和地位。
北大初名京师大学堂，是中国近代第一所正式大学、中国第一所国立大学和中国第一所综合性大学，也是中国近代第一个以“大学”身份及名称而建立的机构，其成立标志着中国近现代高等教育的开端。北大催生了中国最早的现代学制，并开创了中国最早的文科、理科、社科、农科、医科等大学学科，是近代以来中国高等教育的奠基者。
作为晚清由中央政府直接建立的第一所也是唯一的一所大学，北大代表国家意志，是当时国家教育顶层设计的核心，身兼传统太学制度与现代学校建置的双重身份，有着“纵向继承”中国传统与“横向移植”西方教育的双重使命，自建立起就被赋予了最高学府的地位。从中国最早的现代学制“壬寅学制”与“癸卯学制”也可以看出，京师大学堂不仅仅是一所新式大学堂，亦是晚清取士制度与学制的“塔尖”。早期北大不但是中国最高学府，也是中国最高教育行政机关，承担教育部职能，统管全国教育。所以北大也是今日国家教育部的前身。辛亥革命之后，北大又成为中华民国第一所国立大学。
北京大学从统脉（历史地位）上传承了中国数千年来国家最高学府太学（国子监/国子学），是古代最高学府在现代的延续；同时又是中央政府设立的第一所大学，是中国近现代高等教育史上具有划时代意义的开创者，堪称“上承太学正统，下立大学祖庭”，是数千年中国高等教育的主干与正统。
这是北大之所以为北大的终极本质，也是北大之所以是中国最顶尖大学的根本原因。
而清华，则是用美国退还给中国的部分庚子赔款所建立的“留美预备学堂”（其前身是“游美学务处附设肄业馆”），这是一所用于输送学生赴美留学的预备学校。美国人希望以此来影响乃至控制中国未来的精英，从而最终有利于美国的国家利益。正因此，早期清华被称为“国耻纪念碑”。
如果说“最高学府”是北大天生的属性，北大成为顶尖学府是历史的必然，那么清华的崛起则因特定的历史机遇而具有偶然性。民国时期，当国立大学在战乱中朝不保夕、缺钱少粮的时候，清华则因稳定的庚子赔款资金和与美国的特殊关系而茁壮成长。同时，留美预备学校时期赴美留学的预备生，在美国名校获得本科及以上学位后，开始回流中国，清华自然受益最大。尤其是1928年后，清华由预备学校升格为大学，并从外交部划归教育部，始冠“国立”，开始飞速崛起，此后逐渐名声大震。
从诞生到今天，北大经历了一个“世俗化”的过程；反之，清华则经历了一个“神圣化”的过程。北大就像“万世一系”的皇族，有着独一无二的、近乎完美的出身、历史地位、象征意义和信仰价值，但随着时代的变迁，这种象征意义与信仰价值则被逐渐淡化，或被更实际的职能功用所取代；同时，北大也从昔日高高在上的最高学府，变成今日教育部直属的众多高校中的一所。这就是北大世俗化的过程。
而清华，本是一所殖民色彩浓重的留美预备学校，后升格为国立大学，再跻身中国最顶尖名校之列，最后成为最受政府支持的两所大学之一，地位一路飙升；同时，也因为特殊的机遇、良好的经营和易于被大众接受的校名和品牌式包装，从而在老百姓心中形成了强大的号召力。就这样，清华实现了其偶像化、神圣化的过程。
在分别经历了世俗化与神圣化的过程后，北大与清华最终成为了今日普通大众心目中并称的大学“双子星座”。
【附注】
其实中国高校中最早的“双子星座”，是中华民国北洋政府时期的北大与南高（南京高师，即后来的国立东南大学，再后来的国立中央大学，今日的南京大学）。北大与南大也是中国最早崛起的两所顶尖名校。后经历种种不可尽述之变迁，才最终演变为今日北大与清华两校并立的现状。
回顾历史，抚今追昔，不禁感叹一回。
北京大学在全世界的名气更大。
关于北京大学与清华大学的排名
这两所学校都是公认的全中国最好的学校，那么，究竟谁是老大，谁是老二？这么多年也争论不清，这里我们也不必争论。公认的事实是，清华大学的工科更好，北京大学的文科实力更强。而实际上，清华大学的文科也不差，北京大学的工科仍然不弱。与此同时，在世界上的排名也是每年都会有变化，既然说名气，排名的问题，我们就暂且放在一边。
为什么北京大学名气更大？
既然说到名气，咱们就先谈一谈如何定义这个名气，本人理解的是，在全世界范围内是知道清华大学的人多，还是知道北京大学的人多？哪所学校更被人知晓，哪所学校名器应该越大。有以下几个原因：
- 北京大学冠以北京城市的名字，更容易被外国人记住，在搜索引擎下搜索中国可能最热门的就是北京，而搜索北京自然会跳出北京大学。相反，清华这个名字却只有在清华大学的词条中出现。
- 在亚洲，以首都命名的大学实力都很强，东京大学是日本的最好学校，所以按照常理推理，外国人也会认为，北京大学是中国最好的学校。
- 北京大学的历史更悠久，1898年创办的京师大学堂，是北京大学的前身，是中国第一所综合的国力大学。而清华大学的历史跟北京大学来比就逊色一些，悠久的历史，更容易在国外传播自己的名字。
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